Der Mexikaner Alfonso Cuarón (* 28. November 1961) führte Regie bei der Verfilmung des 3. Harry-Potter Buches. Der international erfolgreiche Regisseur prägte den Harry-Potter-Filmen einen neuen Stil auf: Anders als die vorausgegangenen Filme, bei denen Chris Columbus Regie geführt hatte, gestaltete Cuarón den Film Harry Potter und der Gefangene von Askaban nicht als Kinderfilm, verwendete eine veränderte Kulisse und brachte etliche Symbole und Anspielungen ein.
So wurden über den gesamten Film hinweg durch eine riesige Schlossuhr auf einem der Schulhöfe Anspielungen auf die Zeit gegeben, da der Zeitumkehrer Hermine Grangers eine wichtige Rolle spielt. Zudem bekam die Peitschende Weide ein neues Aussehen und wurde unter anderem verwendet, um die vier Jahreszeiten darzustellen, die im Laufe des Schuljahres wechseln.
Das Hogwartsgelände wurde vergrößert und neu gestaltet, um für das Handlungsgeschehen mehr Platz zu schaffen. Ferner tragen die Schüler nicht mehr ununterbrochen die Schuluniformen, sondern sind zwischenzeitlich jugendgemäß gekleidet.